Los modelos moleculares son esenciales para la enseñanza y la investigación en química. Es útil que los estudiantes vean un modelo preciso de la forma de una molécula cuando resuelven un problema. Además, los modelos han sido elementos clave en los descubrimientos químicos del siglo XX, como la estructura de la molécula de ADN. ¿La elección arbitraria de los colores de los átomos podría tener una interpretación ideológica?

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Cuando se manejan modelos moleculares, de plástico o en la pantalla de una computadora, los átomos tienen siempre colores bien definidos. Al menos los más corrientes tienen colores asignados que no proceden de ningún convenio internacional ni de determinaciones espectroscópicas, sino de una mezcla de tradición y de lógica. Pero no pensamos que los átomos individuales de elementos tengan un color. La lógica, obviamente, se basa en el color del conjunto de millones y millones de átomos idénticos, que forman un material, una entidad macroscópica que nos resulta familiar. Los colores utilizados en los kits de modelado se eligen con fines de identificación y no corresponden a ningún color real en los átomos. La coloración CPK es la más popular y las siglas derivan de las iniciales de los apellidos de los químicos Robert Corey, Linus Pauling y Walter Koltun. Varios de los colores CPK se refieren mnemónicamente a los colores de los elementos puros o compuestos notables. 

Así, es normal que al carbono se le represente siempre de negro o de gris, por el carbón, grafito o coque, lo que facilita su visión en pantalla, y si a algún programa de modelado molecular, con el ánimo de ser original, se le ocurre emplear otro color, nos ponemos sumamente nerviosos. También parece lógico que el azufre sea amarillo y el bromo marrón. El cloro, aunque sea un gas amarillo-verdoso, se pinta de verde intenso, dejando el verde claro para el flúor, que es en realidad un gas amarillo pálido. Los metales siempre son gris plata, excepto el oro y el cobre, y como éstos últimos muchos modelos moleculares metálicos están coloreados. Todo bastante razonable, incluso lo incoloro del hidrógeno, que suele representarse blanco o de un color muy pálido, tal vez aludiendo a su carácter liviano y minimalista. El que el blanco sea el color del espectro del hidrógeno no parece razón suficiente, pues también lo es del mercurio y otros átomos. Por otra parte, como el hidrógeno siempre se encuentra unido a otros átomos de colores fuertes, así destaca y se visualiza rápidamente si está unido a un átomo tetraédrico, trigonal o de cualquier otra geometría. Sin embargo, no existen aparentemente razones para que el oxígeno sea siempre rojo y el nitrógeno azul. Nos hemos acostumbrado tanto a verlos rojos y azules, que si en una molécula representada en pantalla como modelo compacto intercambiáramos sus colores, seríamos incapaces de interpretar lo que estamos viendo, aunque tal vez ello nos llevaría a descubrimientos científicos inesperados e interesantes.